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    MeRIP-seq
    MeRIP-seq

    一澳洲幸运5正规官网网址、产品概述

    1.1 m6A-seq概述

    m6AN6-methyladenosineRNA腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰澳洲幸运5正规官网网址。m6A修饰在肥胖澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、癌症澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、突触信号传递澳洲幸运5正规官网网址、精子发育、卵子发生、干细胞分化、减数分裂澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、昼夜节律等生物学过程发挥重要作用。m6A修饰过程中有三大类酶发挥重要作用澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,分别是Writers澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、ErasersReaders澳洲幸运5正规官网网址。Writersm6A甲基转移酶(m6A methyltransferase )主要包括METTL3、METTL14、WTAP等。去甲基化酶包括FTOALKBH5等澳洲幸运5正规官网网址。识别甲基化酶包括YTH结构域蛋白澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、hnRNP以及eIF等。m6A残基分布在mRNA5′UTR3′UTR澳洲幸运5正规官网网址,核心motifG[G/A]A*CU*表示潜在的m6A位点)澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址。主要影响mRNA的可变剪切、调节mRNA的翻译及降解澳洲幸运5正规官网网址。m6A-seq是基于免疫共沉淀的原理结合测序在全转录组水平上定位m6A修饰。

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    From Roundtree et al (2017) Cell,Dan et al(2014)Science


    1.2 实验流程

    1.2.1 人澳洲幸运5正规官网网址、小鼠、大鼠样本

    人澳洲幸运5正规官网网址、小鼠澳洲幸运5正规官网网址、大鼠的MeRIP-seq最低只需1 μg total RNA为了解决临床样本或珍贵样本量少的问题,嘉因生物研发了基于去核糖体建库的微量RNAMeRIP-seq技术。近日澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,嘉因生物在该技术的基础上优化升级,使用1 μg total RNA能够稳定获得mRNAlncRNA上的m6A修饰图谱。

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    1.2.2 非人非鼠物种样本

    非人非鼠物种(人澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、小鼠澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、大鼠以外的物种)也可以做MeRIP-seq 2013年,Dan Dominissini等在nature protocol上首次发表了MeRIP-seq protoco澳洲幸运5正规官网网址,该方法需要约300 μg total RNA澳洲幸运5正规官网网址。嘉因生物对该技术进行优化,运用到非人非鼠物种上澳洲幸运5正规官网网址,并且起始total RNA量降至150 μg澳洲幸运5正规官网网址。

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    二澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、案例解析

    Wen J, Lv R, Ma H, et al. Zc3h13 Regulates Nuclear RNA m 6 A Methylation and Mouse Embryonic Stem Cell Self-Renewal.(Molecular Cell, 2018, IF=3.905)

    m6A是真核生物mRNA丰度较高的一种修饰,通过影响mRNA的稳定性澳洲幸运5正规官网网址、可变剪切澳洲幸运5正规官网网址、转运和翻译来动态的调节mRNA澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址。ZC3H13是一种锌指蛋白澳洲幸运5正规官网网址,在介导细胞核中RNAm6A甲基化发挥重要作用澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址。在小鼠的胚胎干细胞中敲除Zc3h13降低了mRNA的整体m6A水平澳洲幸运5正规官网网址。Zc3h13敲除之后,大部分的WTAP澳洲幸运5正规官网网址、 VirilizerHakai转移到细胞质中,表明Zc3h13对于Zc3h13-WTAP-Virilizer-Hakai复合物的细胞核定位是必需的澳洲幸运5正规官网网址。敲除Zc3h13澳洲幸运5正规官网网址、WTAP澳洲幸运5正规官网网址、VirilizerHakai澳洲幸运5正规官网网址,影响了mESCs的干性澳洲幸运5正规官网网址,进而促进小鼠胚胎干细胞分化澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址。简言之澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,Zc3h13在细胞核中锚定WTAP、Virilizer和 Hakai复合物进而核中促进核中RNAm6A甲基化澳洲幸运5正规官网网址,维持了mESC的自我更新澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址。

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    Yoon K J, Ringeling F R, Vissers C, et al. Temporal Control of Mammalian Cortical Neurogenesis by m6A Methylation. (Cell, 2017, IF=36.216)

    m6A被一种甲基化转移酶复合物Mettl3/Mettl14所催化,是一种普遍mRNA内部修饰澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址。在胎鼠脑中敲除Mettl14导致了m6A修饰的清除澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,延长了RGCs细胞周期澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,胚胎期的皮层推迟了出生后。Mettl3knockdown导致的现象与Mettl14敲除类似澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址。胎鼠皮层的m6A测序揭示了富集m6A修饰的mRNA与转录因子、神经发生澳洲幸运5正规官网网址、细胞周期澳洲幸运5正规官网网址、神经分化有关以及发生了m6AmRNA会被降解。m6A修饰也调控人前脑类器官的神经发生澳洲幸运5正规官网网址。通过人和鼠皮质神经发生过程中含有m6A修饰的mRNA比较澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,研究人员发现这些发生修饰的转录本与人脑紊乱的基因相关澳洲幸运5正规官网网址。简言之澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,本研究通过基因干扰和m6A测序揭示了哺乳动物神经发生过程中转录调控的表观机制。

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