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    单细胞ATAC-seq
    单细胞ATAC-seq


    1、2015 年澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,斯坦福大学 William Greenleaf 和 Howard Y Chang 继续发力澳洲幸运5正规官网网址,通过将 ATAC-seq 结合微流控技术澳洲幸运5正规官网网址,推出了升级版本单细胞 ATAC-seq(scATAC-seq),文章发表于 Nature澳洲幸运5正规官网网址。

    在 scATAC-seq 中澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,通过一个程序化的微流控平台捕获单个细胞澳洲幸运5正规官网网址,随后在一个整合的流体学集成环路(integrated fluidics circuit,IFC)上进行转座酶切和 PCR澳洲幸运5正规官网网址,回收文库澳洲幸运5正规官网网址,并通过带有 barcode 的引物进行 PCR 扩增澳洲幸运5正规官网网址;随后将单细胞的文库混合并进行高通量测序澳洲幸运5正规官网网址。

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    图 scATAC-seq实验流程


    2澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址、目前单细胞测序最常用的平台为 10x Genomics澳洲幸运5正规官网网址。2019 年 3 月澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,嘉因生物单细胞ATAC-seq 通过美国 10x Genomics 公司的 CSP 认证澳洲幸运5正规官网网址,成为全球第一家经过 10x Genomics 官方认证的 Chromium Single Cell ATAC Solution 服务商澳洲幸运5正规官网网址。

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    作为国内较早开展 ATAC-seq 服务的团队澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,嘉因生物于 2018 年 8 月 1 日宣布启动“十万样本 ATAC-seq 计划”,该计划受到北京大学李程教授和同济大学江赐忠教授的高度点评澳洲幸运5正规官网网址。点击链接澳洲幸运5正规官网网址,查看此前报道)“十万样本 ATAC-seq 计划”自开展以来澳洲幸运5正规官网网址,广受好评澳洲幸运5正规官网网址,积累了丰富的 ATAC-seq 经验澳洲幸运5正规官网网址。在此基础上澳洲幸运5正规官网网址,嘉因生物于 2019 年进一步推出了单细胞 ATAC-seq 项目澳洲幸运5正规官网网址,并通过了 10x Genomics 的 CSP 认证澳洲幸运5正规官网网址,成为全球首个官方认可的 Chromium Single Cell ATAC Solution 服务商澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,也进一步表明了该公司在开展单细胞 ATAC-seq 服务上的实力澳洲幸运5正规官网网址。


      表 嘉因生物数据与10X官网数据的详细对比

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    单细胞 ATAC-seq 实现了单细胞染色质开放性的可视化澳洲幸运5正规官网网址,单细胞 RNA-seq 实现了单细胞基因表达水平的可视化澳洲幸运5正规官网网址,二者相结合可在转录水平和转录后水平全面了解基因调控网络。为此澳洲幸运5正规官网网址澳洲幸运5正规官网网址,公司还推出单细胞 ATAC-seq 和单细胞 RNA-seq 联合项目,进一步帮助研究人员从单细胞水平深入挖掘基因表达动态调控机制。

     

    自 2019 年 3 月起澳洲幸运5正规官网网址,嘉因生物正式在全国范围内开展了单细胞 ATAC-seq 和单细胞 RNA-seq 上门服务,样本覆盖了小鼠脾脏组织、小鼠肺脏 T 细胞、人肝癌及癌旁组织澳洲幸运5正规官网网址、人胎盘组织等等澳洲幸运5正规官网网址。目前下机的正式项目中澳洲幸运5正规官网网址,数据质量全部达标澳洲幸运5正规官网网址,欢迎各位研究人员前来咨询探讨澳洲幸运5正规官网网址!


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